জিনতত্ত্ববিদরা একই প্রোটিনের একাধিক কপি দিয়ে গঠিত অ্যামাইলয়েড প্রোটিন সনাক্ত করতে বিশ্বের প্রথম বায়োইনফরমেটিক্স টুল তৈরি করেন

সেন্ট পিটার্সবার্গ এবং মন্টপেলিয়ার বিশ্ববিদ্যালয়ের বিজ্ঞানীরা প্রথম সফ্টওয়্যার তৈরি করেছেন যা অ্যামাইলয়েড ফাইব্রিলে প্রোটিন জোড়া ভবিষ্যদ্বাণী করতে সক্ষম যা জমাটবদ্ধ হতে সক্ষম, এমন একটি প্রক্রিয়া যাতে প্রোটিন একে অপরের সাথে সংযুক্ত থাকে। তাদের গবেষণা 94% এর বেশি নির্ভুলতার হার দেখায়।কাজ হল প্রকাশ ভিতরে আণবিক জীববিজ্ঞানের জার্নাল.

অ্যামাইলয়েড হয় প্রোটিন সমষ্টি এগুলি অনেক গুরুতর এবং নিরাময়যোগ্য রোগের সাথে যুক্ত, যেমন আলঝেইমারস, পারকিনসনস এবং হান্টিংটন রোগ, অন্যদের মধ্যে। যাইহোক, অ্যামাইলয়েডের উপস্থিতি সবসময় রোগগত হয় না। এর মধ্যে অনেকেরই কোষে কার্যকরী, “উপকারী” প্রভাব রয়েছে।কি একত্রীকরণ ট্রিগার করতে পারে অ্যামাইলয়েড ফাইব্রিলস এটা একটা পরিবর্তন প্রোটিন গঠন, বিজ্ঞানীরা বলছেন। যাইহোক, গত কয়েক বছরে, বিভিন্ন অ্যামাইলয়েড-গঠনকারী প্রোটিনের জমাটবদ্ধতার উপর প্রচুর পরিমাণে ডেটা জমা হয়েছে।

সেন্ট পিটার্সবার্গ এবং মন্টপেলিয়ার (ফ্রান্স) বিশ্ববিদ্যালয়ের জিনতত্ত্ববিদ এবং জৈবপ্রযুক্তিবিদদের একটি দল বিশ্বের প্রথম ব্যক্তি যিনি বায়োইনফরমেটিক্স পদ্ধতি AmyloComp প্রস্তাব করেছেন যাতে প্রোটিন জোড়া শনাক্ত করতে সক্ষম (অর্থাৎ একে অপরের সাথে আবদ্ধ)। সফ্টওয়্যারটি পাইথন প্রোগ্রামিং ভাষায় লেখা এবং এটি একটি অনলাইন অ্যাপ্লিকেশন হিসাবে উপলব্ধ।

“অ্যামাইলয়েড ফাইব্রিলগুলি দেখতে ফাইব্রিলের মতো। তারা ফাইব্রিল জুড়ে বিতরণ করা অনেকগুলি অণুর এক ধরণের 'স্ট্যাক' গঠন করে। ঐতিহ্যগতভাবে, অ্যামাইলয়েড ফাইব্রিলগুলি একই প্রোটিনের একাধিক কপি দ্বারা গঠিত। এই ক্ষেত্রে, তারা সমজাতীয় এবং একই গঠন রয়েছে। যাইহোক, আমরা যা খুঁজে বের করার চেষ্টা করছি তা হল একই ফাইব্রিলে বিভিন্ন প্রোটিনের সমষ্টি, অর্থাৎ একই অ্যামাইলয়েড ফাইব্রিলে বিভিন্ন প্রোটিনের জমা হওয়া৷” সেন্ট পিটার্সবার্গ ইউনিভার্সিটি বায়োটেকনোলজি৷

স্ট্যানিস্লাভ বোন্ডারেভ বলেছেন যে বিশ্ববিদ্যালয়ের বিজ্ঞানীদের দ্বারা তৈরি AmyloComp সফ্টওয়্যারটির মডেল ডেটা সেটে 94% এর বেশি নির্ভুলতা রয়েছে এবং এটি পরিচিত প্রোটিন সমষ্টির ইতিবাচক এবং নেতিবাচক উদাহরণগুলিকে নির্ভরযোগ্যভাবে শ্রেণীবদ্ধ করতে পারে। অতএব, প্রোটিন জমাটবদ্ধতা ভিভোতে বিভিন্ন জৈবিক প্রভাব ফেলতে পারে।

একদিকে, “অ্যামাইলয়েড ক্যাসকেড” হাইপোথিসিসটি অনেক আগে প্রস্তাব করা হয়েছিল। এই অনুমানটি প্রমাণ করে যে প্যাথলজিকাল অ্যামাইলয়েড একত্রিতকরণ অন্যান্য প্রোটিনের একত্রীকরণকে ট্রিগার করতে পারে। অন্যদিকে, কিছু গুরুত্বপূর্ণ জৈবিক প্রক্রিয়ার জন্য বিভিন্ন অ্যামাইলয়েড-গঠনকারী প্রোটিনের জমাটবদ্ধতা প্রয়োজন। জমাটবদ্ধতার পরিচিত উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে মানব প্রোটিন RIPK1 এবং RIPK3। এই সহ-সমষ্টি সিগন্যালিং ক্যাসকেডের অংশ যা অ্যান্টিভাইরাল প্রতিক্রিয়া ট্রিগার করে। AmyloComp সফ্টওয়্যার প্রোটিওম স্কেলে অনুরূপ উদাহরণ সনাক্ত করতে পারে।

বায়োইনফরমেটিক্স টুলস অনন্য। অন্যান্য বায়োইনফরমেটিক্স পদ্ধতি দুটি অ্যামাইলয়েড প্রোটিনের সমষ্টির মডেল করে না। সেন্ট পিটার্সবার্গ ইউনিভার্সিটির গবেষকরা যে পদ্ধতিটি তৈরি করেছেন তা দুটি প্রোটিনের অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্সের তুলনার উপর ভিত্তি করে এবং একই অ্যামাইলয়েড ফাইব্রিলে বিভিন্ন প্রোটিন জমা হওয়ার সম্ভাবনা বিবেচনা করে। এই পদ্ধতির সাহায্যে বিভিন্ন সিকোয়েন্স সনাক্ত করা সম্ভব হয় যা একটি একক কাঠামো গঠন করে।