ওপেন সোর্স প্ল্যাটফর্ম হাই-ডেফিনিশন স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স সক্ষম করে

ম্যাক্স ডেলব্রুক সেন্টারের নিকোলাস রাজেউস্কির গবেষণাগারের গবেষকরা একটি ওপেন সোর্স প্ল্যাটফর্ম তৈরি করেছেন যা রোগীর টিস্যু নমুনাগুলি থেকে উপকোষীয় নির্ভুলতার সাথে আণবিক মানচিত্র তৈরি করতে পারে, বিস্তারিত অধ্যয়ন সক্ষম করে এবং সম্ভাব্য রুটিন ক্লিনিকাল প্যাথলজি উন্নত করে। গবেষণাটি প্রকাশিত হয়েছিলকোষ“”

অধ্যাপক নিকোলাস রাজেউস্কির সিস্টেম বায়োলজি ল্যাবরেটরির গবেষকরা ওপেন-এসটি নামে একটি স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স প্ল্যাটফর্ম তৈরি করেছেন যা বিজ্ঞানীদের তিনটি মাত্রায় টিস্যুগুলির মধ্যে কোষের জিনের অভিব্যক্তি পুনর্গঠন করতে দেয়। প্ল্যাটফর্মটি অত্যন্ত উচ্চ রেজোলিউশনের সাথে মানচিত্র তৈরি করে, যা গবেষকদের আণবিক এবং (সাব) সেলুলার কাঠামো দেখতে দেয় যা প্রায়শই ঐতিহ্যগত দ্বি-মাত্রিক উপস্থাপনায় হারিয়ে যায়। গবেষণাপত্রটি সেল জার্নালে প্রকাশিত হয়েছিল।

মাউস মস্তিষ্কের টিস্যুতে, ওপেন-এসটি সাবসেলুলার রেজোলিউশনে কোষের প্রকারগুলি পুনর্গঠন করতে সক্ষম হয়েছিল। মাথা এবং ঘাড়ের ক্যান্সারে আক্রান্ত রোগীদের টিউমার টিস্যু এবং স্বাস্থ্যকর এবং মেটাস্ট্যাটিক লিম্ফ নোডগুলিতে, প্ল্যাটফর্মটি ইমিউন, স্ট্রোমাল এবং টিউমার কোষের জনসংখ্যার বৈচিত্র্যকে ক্যাপচার করেছে। এটি আরও দেখায় যে এই কোষের জনসংখ্যা প্রাথমিক টিউমারের মধ্যে যোগাযোগের হটস্পটগুলির চারপাশে সংগঠিত হয়, তবে এই সংস্থাটি মেটাস্ট্যাসিসে ধ্বংস হয়ে যায়।

এই অন্তর্দৃষ্টিগুলি গবেষকদের বুঝতে সাহায্য করতে পারে যে কীভাবে ক্যান্সার কোষগুলি তাদের আশেপাশের সাথে যোগাযোগ করে এবং সম্ভাব্যভাবে অন্বেষণ করতে শুরু করে যে তারা কীভাবে ইমিউন সিস্টেমকে এড়িয়ে যায়। পৃথক রোগীদের জন্য সম্ভাব্য ড্রাগ লক্ষ্য ভবিষ্যদ্বাণী করতে ডেটা ব্যবহার করা যেতে পারে। প্ল্যাটফর্মটি ক্যান্সারের মধ্যে সীমাবদ্ধ নয় এবং যেকোন ধরণের টিস্যু এবং জীব অধ্যয়ন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে।

বার্লিনের ম্যাক্স ডেলব্রুক সেন্টার ইনস্টিটিউট ফর মেডিক্যাল সিস্টেম বায়োলজি (MDC-BIMSB) এর রাজেউস্কি ল্যাবরেটরির একজন সিনিয়র বিজ্ঞানী এবং সংশ্লিষ্ট লেখক নিকোস বলেছেন, “আমরা মনে করি এই ধরনের কৌশলগুলি গবেষকদের ওষুধের লক্ষ্য এবং নতুন চিকিত্সা আবিষ্কার করতে সাহায্য করবে।” কাগজ ড. Karaiskos ড.

সংস্থাগুলির স্থানিক জটিলতা উন্মোচন করা

ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স হল কোষ বা কোষের জনসংখ্যার মধ্যে জিনের অভিব্যক্তির অধ্যয়ন, কিন্তু সাধারণত স্থানিক তথ্য অন্তর্ভুক্ত করে না। স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স, অন্যদিকে, একটি প্রদত্ত টিস্যু নমুনার মধ্যে মহাকাশে আরএনএ এক্সপ্রেশন পরিমাপ করে। ওপেন-এসটি টিস্যু আকারবিদ্যা এবং টিস্যু বিভাগের স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স ক্যাপচার করার জন্য একটি সাশ্রয়ী, উচ্চ-রেজোলিউশন, সহজে ব্যবহারযোগ্য পদ্ধতি প্রদান করে। অবিচ্ছিন্ন 2D মানচিত্রগুলিকে 3D “ভার্চুয়াল টিস্যু ব্লক”-এ টিস্যু পুনর্গঠনের জন্য সারিবদ্ধ করা যেতে পারে।

এমডিসি-বিআইএমএসবি ডিরেক্টর রাজেউস্কি বলেন, “রোগযুক্ত টিস্যুতে কোষের মধ্যে স্থানিক সম্পর্ক বোঝা জটিল মিথস্ক্রিয়াগুলির ব্যাখ্যা করার জন্য গুরুত্বপূর্ণ যা রোগের অগ্রগতি চালায়।” “ওপেন-এসটি ডেটা স্বাস্থ্য এবং রোগের প্রক্রিয়া এবং টিস্যুগুলিকে পুনরায় প্রোগ্রাম করার সম্ভাব্য উপায়গুলি আবিষ্কার করতে কোষ-কোষের মিথস্ক্রিয়াগুলির পদ্ধতিগত স্ক্রীনিং সক্ষম করে।”

ক্যান্সার টিস্যুর ওপেন-এসটি চিত্রগুলি 3D টিউমার/লিম্ফ নোড সীমানায় সম্ভাব্য বায়োমার্কারগুলিকেও হাইলাইট করে যা নতুন ওষুধের লক্ষ্য হিসাবে কাজ করতে পারে। “এই কাঠামোগুলি 2D বিশ্লেষণে দৃশ্যমান নয় এবং শুধুমাত্র 3D টিস্যুর নিরপেক্ষ পুনর্গঠনে দেখা যায়,” ড্যানিয়েল লিওন-পেরিয়ান বলেছেন, কাগজের সহ-প্রথম লেখক।

আমরা নির্ভুলতার সম্পূর্ণ ভিন্ন মাত্রা অর্জন করি। পৃথক কোষে আণবিক প্রক্রিয়া বা স্বাস্থ্যকর এবং ক্যান্সারযুক্ত কোষের মধ্যে সীমানা সনাক্ত করতে 3D পুনর্গঠনে প্রায় যে কোনও জায়গায় নেভিগেট করতে পারেন, যা রোগকে কীভাবে লক্ষ্য করা যায় তা বোঝার জন্য গুরুত্বপূর্ণ। “

নিকোলাস রাজেউস্কি, ম্যাক্স ডেলব্রুক সেন্টার

সাশ্রয়ী এবং অ্যাক্সেসযোগ্য প্রযুক্তি

ওপেন-এসটি-এর একটি উল্লেখযোগ্য সুবিধা হল খরচ। বাণিজ্যিকভাবে উপলব্ধ স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স সরঞ্জামগুলি খুব ব্যয়বহুল হতে পারে। যাইহোক, ওপেন-এসটি শুধুমাত্র স্ট্যান্ডার্ড পরীক্ষাগার সরঞ্জাম ব্যবহার করে এবং দক্ষতার সাথে RNA ক্যাপচার করে, উল্লেখযোগ্যভাবে খরচ কমায়। কম খরচের মানে হল গবেষকরা বড় নমুনার আকার অন্তর্ভুক্ত করতে অধ্যয়ন বাড়াতে পারেন, যেমন রোগীর গ্রুপ অধ্যয়ন করা।

গবেষকরা ব্যাপক ব্যবহারের জন্য সম্পূর্ণ পরীক্ষামূলক এবং গণনামূলক কর্মপ্রবাহকে অবাধে উপলব্ধ করেছেন। গুরুত্বপূর্ণভাবে, Leon-Periñán বলেছেন, প্ল্যাটফর্মটি মডুলার তাই ওপেন-ST নির্দিষ্ট প্রয়োজনের সাথে মানিয়ে নেওয়া যেতে পারে। “সমস্ত সরঞ্জামগুলি কিছু সামঞ্জস্য বা পরিবর্তন করার জন্য যথেষ্ট নমনীয়।”

“একটি মূল লক্ষ্য ছিল এমন একটি পদ্ধতি তৈরি করা যা কেবল শক্তিশালীই নয়, সহজে অ্যাক্সেসযোগ্যও ছিল,” ম্যারি শট, রাজেউস্কির ল্যাবের একজন প্রযুক্তিবিদ এবং কাগজের সহ-প্রথম লেখক বলেছেন, “খরচ এবং জটিলতা হ্রাস করে, আমরা এটি তৈরি করার আশা করি৷ প্রযুক্তি অ্যাক্সেসযোগ্য এবং আবিষ্কারকে ত্বরান্বিত করে।”